มูลนิธินี้ชื่อว่า “โพธิยาลัย” ใช้อักษรย่อว่า “พย.” มีชื่อเรียกภาษาอังกฤษว่า Bodhiyalaya Foundation ใช้อักษรย่อว่า “Bodhi.”
เครื่องหมายของมูลนิธิ คล้ายใบโพธิ์มีใบเล็กๆล้อมรอบและมีใบตรงกลาง มีข้อความเขียนข้างล่างว่า “มูลนิธิโพธิยาลัย”
ใบโพธิ์ หมายถึง บัลลังค์ที่องค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าได้ตรัสรู้ โดยมีใบโพธิ์บังแดด บังฝน
ใบโพธิ์ขนาดเล็กล้อมรอบโดยมีกิ่งก้าน หมายถึง การทางานที่เป็นลักษณะเครือข่าย เชื่อมโยง และมีการเกื้อหนุนซึ่งกันและกัน
ก้านใบตรงกลาง หมายถึง หลักธรรมที่องค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าตรัสรู้ และใช้เป็นแนวทางในการทางาน